"יד הרב נסים" הוקמה בשנת תשמ"ב לאחר פטירתו של הראשון לציון והרב הראשי לישראל ר'יצחק נסים זצ"ל, שנהג נשיאותו ברמה במשך ח"י שנים. ה'יד' אמונה ושוקדת על קיום מורשתו הרוחנית של הרב זצ"ל במיגוון נושאי היהדות בהם הטביע חותם עמוק. הוצאה לאור של כתבי-יד נדירים, הכשרת רבנים ודיינים, הפצת ערכי היהדות מתוך סובלנות, טיפוח, מזוג הגלויות וכל זאת תוך דבקות לאמת והתעלות מעל כל השתייכות מגזרית, פוליטית ומפלגתית כדרכו של הרב זצ"ל שתורת אמת היתה בפיהו וקיבל האמת ממי שאמרה.

'יד הרב נסים' ניצבת כציון לנפש חיה של איש תבונות זה שכל מעשיו היו לשם שמים אוהב הבריות ומקרבן לתורה מתוך אהבה וכבוד. הרב היה איש אמת נחרץ אשר חוות דעתו השקולה והמלומדת היתה נשמעת בכל מקום. מחוייבותו הבלתי מתפשרת לאמת, לתורה ולמדע היא זו שמכוונת ומדריכה את 'היד' בכל פעולותיה.
הבניין בו שוכן המכון ממוקם בשכונת טלביה מול מכון ואן ליר וסמוך לבית הנשיא. הבניין הוקם לפני כשבעים שנה ובתוכו בתי מדרש, מכון מחקר, הוצאה לאור, חדרי עיון, ספריה,ספריית ספרים נדירים, ארכיון, בית כנסת, אולם הרצאות ואודיטוריום. כל פעילויותיה של ה'יד' נעשים בבניין זה.